מיד עם הכניסה להיכל הראשי יוקסמו המבקרים מחלונות הוויטראז' מעוררי ההשראה המפארים את קירות בית הכנסת. כל חלון בוהק מספר סיפור. יחד הם מסמלים את העבר והעתיד של האומה היהודית.

חלונות הויטראז' מעל ארון הקודש, הם פרי עבודתה של רג'ינה היים המנוחה מציריך, שוויץ. ישנם חמישה חלונות בודדים המתחברים יחדיו ליצירה שלמה, ומסמלים את חמשת חומשי התורה. אור השמש החודר מבעד לחלונות מבליט את הצבעים המרהיבים,ומדגיש את הנושא המרכזי המובע בהם -נזר הבריאה, הבא לידי ביטויי דרך החיבור בין העולמות הרוחניים והגשמיים. הקשת הצבעונית החוצה את המרכז מפרידה בין העולמות ,אבל גם מחברת ביניהם.

הצבע השולט בחלק העליון של החלונות הוא כחול,הוא מסמל את העולם הרוחני ומזכיר לנו את מצוות התורה בדיוק כפי שמזכיר זאת שגדיל התכלת בציצית (במדבר ,טו.לט).  הפסוק "לך ה' הגדולה והגבורה והתפארת והנצח וההוד כי כל בשמים ובארץ לך ה' הממלכה והמתנשא לכל לראש" (דברי הימים א, כט 11) מופיע גם בחלקו של העולם הרוחני ומקשר אוותנו אל התרשים של עשר הספירות. מכל צד ישנם שלושה כנפיים, המסמלים את כסא הכבוד (ישעיה ו).  בכנף האמצעית בכל צד כתוב "קדוש" ובמרכז  החלון האמעי המשך של הקדושה ,"קדוש ה' צבאות". כאשר אור השמש עובר דרך החלון המרכזי קשה להתבונן בו, כשם שהיה קשה למשה להסתכל בסנה הבוער, ולכן כיסה את עיניו.

מתחת לקשת ישנו עולם החומר. סמלו של עולם זה הוא האש, המתוארת על ידי הצבע האדום. האש יכולה לשמש ליצירה או לצורך השמדה, והייצוג של שתי הפנים נמצא בחלק התחתון של החלונות. מתחת לקשת אנו רואים את האש המשמשת ליצור אנרגייה וכמסייעת בבנייתו של עולם טוב יותר,היא מיוצגת על ידי הסנה הבוער (שמות, ג), כפי שראה אותו משה בעת שהתייצב לפני ריבונו של עולם. זהו סמל עמנו; לעולם אינו מאוכל למרות הניסיונות והתלאות מנת חלקנו. האש משנה פניה והופכת לכלי מועיל בזכות מערכת חוקים ומוסר .זו מתוארת (מימין לשמאל) באותיות אל"ף עד יו"ד המסמלות את עשרת הדיברות. בחלק הקיצוני התחתון בחלונות נמצאת אש ההשמדה – הניסיון שחווינו בכל דור להשמיד את העם היהודי. ואולם, מתוך אש הרסנית זו אנו צופים בבקיעתם של שורשי עץ. העץ מייצג את האדם (דברים, כ 19) וכן את נצחיות התורה (משלי, ג 18). מתוך אש כל הרוע שנעשה לעמנו משך כל הדורות אומר לנו הקב"ה: "אל תירא עבדי יעקב" (ישעיה, מד 2); "כי מציון תצא תורה ודבר ה' מירושלים" (ישעיה, ב 3).

החלונות מסמלים את עצם המשמעות שביסוד בניין 'בית הכנסת הגדול, ירושלים'. מסורים לכבוד זכרם הנצחי של ששת מיליוני אחינו שנרצחו בשואה ומי שהקריבו את חייהם למען הקמת מדינת ישראל והגנה עליה, אנו מתכנסים במרכז רוחני שבו עיקר העיקרים הוא תורה, עבודה וגמילות חסדים. העם היהודי יחיה, התורה נצחית, ואנו שבנו למולדתנו – ארץ ישראל.